Z uwagi na to, że podczas ręcznego lub mechanicznego sortowania mogą powstawać błędy, dopuszcza się tolerancje w zakresie jakości i wielkości. Są one wyrażane liczbowo lub wagowo i dla obu klas wynoszą 10 % i 5% w przypadku tolerancji wielkościowych dla papryki nie sortowanej.
Tolerancje są określane po ocenie każdego opakowania (próby) wybranego do kontroli i ustaleniu średniej ze wszystkich ocenionych prób.
W żadnym wypadku podczas sortowania nie jest dopuszczalne celowe umieszczanie produktów niższej jakości tak aby mieściły się one jeszcze w dopuszczalnej tolerancji.
A. Tolerancje dotyczące jakości
a) Klasa I
10 % liczbowo lub wagowo papryki nie spełniającej wymagań tej klasy, lecz zgodnej z wymaganiami dla klasy II, lub wyjątkowo mieszczącej się w tolerancjach dla klasy II.
b) Klasa II
10 % liczbowo lub wagowo papryki nie spełniającej ani wymagań tej klasy ani wymagań minimalnych.
Nie dopuszcza się jednak papryki z objawami gnicia lub innego zepsucia, które czynią ją niezdatną do spożycia.
B. Tolerancje dotyczące wielkości
a) Klasa I
10 % liczbowo lub wagowo papryki nie odpowiadającej deklarowanej wielkości z dopuszczalnym odchyleniem -/+ 5 mm, w tym nie więcej niż 5 % papryki poniżej określonej wielkości minimalnej.
b) Klasa II
- Papryka sortowana według wielkości - % liczbowo lub wagowo papryki nie odpowiadającej deklarowanej wielkości z dopuszczalnym odchyleniem -/+ 5 mm, w tym nie więcej niż 5 % papryki poniżej określonej wielkości minimalnej,
- Papryka nie sortowana według wielkości - 5% liczbowo lub wagowo papryki o wielkości do 5 mm poniżej określonej wielkości minimalnej.